ദേശാഭിമാനി ചീഫ് എഡിറ്ററായി സിപിഐ എം പൊളിറ്റ്‌ ബ്യൂറോ അംഗം കോടിയേരി ബാലകൃഷ്ണനെ നിയമിച്ചു. ചീഫ് എഡിറ്ററായിരുന്ന പി രാജീവ്‌ മന്ത്രിയാകുന്ന സാഹചര്യത്തിലാണ്‌ കോടിയേരിയെ നിയമിക്കാന്‍ സംസ്ഥാന സെക്രട്ടറിയറ്റ്‌ തീരുമാനിച്ചത്. 2006 മുതൽ 2011 വരെ കേരളത്തിലെ ആഭ്യന്തര, വിനോദസഞ്ചാരവകുപ്പുകളുടെ ചുമതലയുള്ള മന്ത്രിയായി പ്രവർത്തിച്ചിരുന്നു. പതിമൂന്നാം കേരളനിയമസഭയിലെ പ്രതിപക്ഷ ഉപനേതാവായിരുന്നു, തലശ്ശേരി നിയമസഭാമണ്ഡലത്തെയാണ് അദ്ദേഹം 2001 മുതൽ 2016 വരെ പ്രതിനിധീകരിച്ചിരുന്നത്. 2015 ഫെബ്രുവരി 23ന് ആലപ്പുഴയിൽ നടന്ന സിപിഐ (എം)ന്റെ ഇരുപത്തിയൊന്നാം സംസ്ഥാനസമ്മേളനത്തിലാണ് കോടിയേരി ബാലകൃഷ്ണനെ ആദ്യമായി സിപിഐ (എം)ന്റെ സംസ്ഥാനസെക്രട്ടറിയായി തെരഞ്ഞെടുത്തത്. 2018 ഫെബ്രുവരി 26ന് തൃശൂരിൽ വെച്ചു നടന്ന സിപിഐ (എം)ന്റെ ഇരുപത്തിരണ്ടാമത്തെ സംസ്ഥാനസമ്മേളനത്തിൽ കോടിയേരി ബാലകൃഷ്ണനെ സിപിഐ (എം)ന്റെ സംസ്ഥാനസെക്രട്ടറിയായി വീണ്ടും തെരെഞ്ഞെടുത്തു. ആരോഗ്യപരമായ കാരണങ്ങളാൽ 2020 ൽ സെക്രട്ടറിസ്ഥാനത്തുനിന്ന്‌ താൽക്കാലികമായി മാറി.