എലത്തൂർ ട്രെയിൻ തീവെപ്പു കേസിലെ ദുരൂഹതകൾ ഒഴിയുന്നില്ല, പ്രതിയായ ഷാരൂഖ് അക്രമണം നടത്തുന്നതിന് വേണ്ടി കേരളം തിരഞ്ഞെടുത്തതിൽ ദുരൂഹതയുണ്ടെന്ന് എൻഐഎ. ഈ വിവരം നേരത്തെ തന്നെ ആഭ്യന്തര മന്ത്രാലയത്തിന് സമർപ്പിച്ച റിപ്പോർട്ടിൽ പരാമശിച്ചിരുന്നു. പ്രതിക്ക് തീവ്രവാദ ബന്ധമുണ്ടോയെന്നത് തള്ളാനാകില്ലെന്നും എൻ ഐ എ റിപ്പോര്‍ട്ടിൽ ചൂണ്ടികാട്ടി.
അതേസമയം ഉദ്യോഗസ്ഥ സാന്നിധ്യമില്ലാതെ അഭിഭാഷകനുമായി സംസാരിക്കണമെന്ന ഷാരൂഖ് സെയ്ഫിയുടെ ആവശ്യം കോടതി തള്ളി. ശനിയാഴ്ച്ച കോടതിയിൽ ഹാജരാക്കുമ്പോൾ ഉദ്യോഗസ്ഥ സാന്നിധ്യമില്ലാതെ അഭിഭാഷകനുമായി സംസാരിക്കണമെന്നതായിരുന്നു പ്രതിയുടെ ആവശ്യം. എന്നാൽ ഇത് കോടതി തള്ളുകയായിരുന്നു. നിയമാനുസൃതമായി ജയിലിലെത്തി അഭിഭാഷകന് പ്രതിയോട് സംസാരിക്കാമെന്ന് വ്യക്തമാക്കി.
ഷാരൂഖ് സെയ്ഫിയുടെ ഈ ആവശ്യം കോടതിയിൽ എൻഐഎ ശക്തമായി എതിർത്തിരുന്നു. ഇതിനു മുന്നേ കോടതിയിൽ ഹാജരാക്കിയപ്പോൾ അഭിഭാഷകനുമായി സംസാരിച്ചതും കോടതി ചൂണ്ടിക്കാട്ടി. കൃത്യം നടത്തിയതിനു പിന്നിൽ തീവ്രവാദ ബന്ധം ഉണ്ടോ, ഷാരൂക്കിനെ കൂടുതൽ ആരെങ്കിലും സഹായിച്ചോ എന്നീ കാര്യങ്ങളിൽ ഇനിയും വ്യക്തത വരാനുണ്ട്.
ആസൂത്രണവും ഗൂഢാലോചനയുമടക്കം ആക്രമണത്തിന്‍റെ വിശദമായ അന്വേഷണം നടത്തുന്നത് എൻ ഐ എ കൊച്ചി യൂണിറ്റാണ്. എലത്തൂർ ട്രെയിൻ തീവയ്പ്പ് കേസിൽ പ്രതി ഷാരൂഖ് സൈഫിക്കെതിരെ പ്രത്യേക അന്വേഷണ സംഘം യു എ പി എ ചുമത്തിയതോടെയാണ് എൻ ഐ എ അന്വേഷണത്തിന് വഴിതുറന്നത്.